بدات الجامعة في نشاتها بأكاديمية العلوم الصحية والتى كانت استجابة جيدة لإعلان السودان ٢٠٠١م الخاص بترقية المهن الصحية لتلبية متطلبات الخطة الإستراتيجية لسد الفجوة وتطوير الخدمات الصحية وتطوير الكادر المقدم لها كماً ونوعاً.وقد افتتحت رسميا في 26 نوفمبر 2005، بحضور وزراء الصحة الاتحادية والتعليم العالي إلى جانب المدير الإقليمي رئيس المكتب الإقليمي للشرق الأوسط(EMRO). وقد بدأت أكاديمية العلوم الصحية على نحو فعال في عام 2007 تلبية لاحتياجات النظم الصحية ولردم الهوة في مجال الكادر المقدم للخدمة الصحية والحفاظ على توازن فريق الرعاية الصحية من خلال توفير الاحتياجات التعليمة المتطورة. وفي العام ٢٠١١ م بدات بإضافة درجة البكالوريوس ومن ثم تم إعتمادها من قبل وزارة التعليم العالي والبحث العلمي في العام ٢٠١٣ م إلى أن تم ترفيعها لجامعة العلوم الصحية في العام ٢٠٢٣ م